日本扁柏茎腐病多发生在苗期，对苗木危害较大。症状靠近土表的苗木茎基部出现褐色脏斑，叶片变绿，稍下垂。当病部包围整个茎基部时，全株死亡。茎基部腐烂并产生许多小黑点（即菌核）。发生规律细菌以菌丝或菌核的形式在土壤中越冬，并从伤口侵入。夏季土表温度高，易引起茎基部灼伤，诱发病害。防治方法盛夏在苗床搭棚，时间为上午10：00下午4：00，或用草覆盖苗行，降低地温。高温干燥时，灌溉降温也可预防病害。 发病初期每隔半个月喷1:1:160波尔多液数次。
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